（一）缴足注册资本的原始自然人股东转让股权的投资成本（股权原值）的确定方法
在工商注册公司时，只要缴足注册资本的原始股东发生转让其一定比例或全部股权比例的情况下，原始自然人股东转让股权的投资成本方法如下：
第一，如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本情况下，则该原始自然人股东发生股权转让时，计算其股权转让所得的投资成本（股权原值）是该自然人股东按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本作为投资成本。具体确定方法如下：
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条、十六条的规定，转让股权时，股权原值按照以下方法确定。
1、以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
2、以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
例如：2018年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2020年2月，王女士以150万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生，截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。本案例种的王女士在转让其自然人股权时，计算其股权转让所得时的投资成本或股权原值是100万元。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。王女士应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。
第二，如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本加上被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增资本或股本的情况下，则该原始自然人股东发生股权转让时，计算其股权转让所得的投资成本（股权原值）是该自然人股东按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本加上原始自然人股东将转增股本且依法缴纳个人所得税的资本公积、盈余公积、未分配利润作为投资成本。具体确定方法如下：
根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条第四项的规定，转让股权时，股权原值按照以下方法确定：被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。
【案例分析1：盈余积累转增资本后股权原值的确认分析】
张先生持有M公司100%股权，2019年6月，张先生将M公司100%股权以3500万元的价格转让给李小姐。转让时，投资成本1000万元，被投资企业M公司的未分配利润2000万元，盈余公积500万元，资本公积-其他资本公积500万元。被投资企业M公司净资产账面价值合计为4000万元。假设税务机关认为该项转让属于计税价格明显偏低但有正当理由，对转让价格予以认可。该笔交易李小姐按照规定扣缴了个人所得税500万元（3500-1000）×20%。2019年10月，李小姐决定将2000万元的未分配利润、500万元的资本公积-其他资本公积、250万元的盈余公积共2750万元转增注册资本。转增注册资本后，M公司的注册资本为3750万元。
根据《关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局2013年第23号公告）规定，个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本的个人所得税处理如下：
（一）新股东以不低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累（资本公积、盈余公积、未分配利润）已全部计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，不征收个人所得税。
（二）新股东以低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累中，对于股权收购价格减去原股本的差额部分已经计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，不征收个人所得税;对于股权收购价格低于原所有者权益的差额部分未计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增股本的部分，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。
另外，新股东以低于净资产价格收购企业股权后转增股本，应按照下列顺序进行,即:先转增应税的盈余积累部分，然后再转增免税的盈余积累部分。同时，个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本的新股东将所持股权转让时，其财产原值为其收购企业股权实际支付的对价及相关税费。1.极易被税务重点稽查的股权转让行为有哪些？
答：主要有以下几种情况：
①自然人股权转让中受让方未依法履行扣缴个税义务的。
②自然人股权转让未依法申报个税和印花税的。
③频繁多次转让过股权的。
④平价或者0元股权转让的。
⑤自然人股权转让签订阴阳合同的。
⑥利用合伙企业核定经营所得来降低税负的。
⑦自然人股权转让的转让原值确认不正确的。
⑧个人因撤资从被投资企业取得的款项属于个税应税收入未依法申报个税的。
⑨自然人股权转让中个税和印花税纳税地点不合法的。
⑩自然人股权转让中股权转让完成但是尚未支付转让款未依法申报个税的。
以股权抵偿债务属于股权转让行为未依法申报个税的，转让方和受让方在进行股权转让前，签署其他交易合同，比如借贷等，冲抵交易，转移资金。
⑪自然人股权赠送未依法履行扣缴个税义务的。
⑫盈余公积、未分配利润等转增股本未依法申报个税的。
2.股权转让行为主要包括哪些情形？
答：股权转让是指个人将股权转让给其他个人或法人的行为，包括以下情形：
（一）出售股权；
（二）公司回购股权；
（三）发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售；
（四）股权被司法或行政机关强制过户；
（五）以股权对外投资或进行其他非货币**易；
（六）以股权抵偿债务；
（七）其他股权转移行为。
3.个人股权转让的纳税人是谁？扣缴人是谁？各自应负担哪些义务？
答：个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人。
扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定：“扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收而不收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务。发生个人股东变动或者个人股东所持股权变动的，应当在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的《个人所得税基础信息表（A表）》及股东变更情况说明。
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